این کنگره با ریاست حضرت آیةالله العظمی مکارم شیرازی دام ظله و با هدایت علمی حضرت آیة الله العظمی سبحانی دامت برکاته با اهداف زیر برگزار می شود:
الف) مقابله با فتنۀ تکفیر در جهان اسلام؛
ب) دعوت به صلح و دوستی و برادری و تعامل میان مذاهب بر اساس حکمت، موعظه و جدال احسن؛
ج) تلاش برای هوشیار کردن مسلمانان نسبت به ماهیت زشت و کریه جریانهای تکفیری؛
د) ایجاد صف واحد و گسترش زمینه های همگرایی مسلمانان برای مقابله با تکفیر؛
هـ) تلاش برای شناساندن توطئه ها و نیرنگهای جهان غرب در سایه حمایت از جریانهای تکفیری